本田直樹 (Naoki Honda) - マイポータル

基本情報

所属: 名古屋大学大学院医学系研究科教授
: (兼任)One Medicine 生命-創薬共創プラットフォームデータサイエンス部門教授
: 広島大学統合生命科学研究科特任教授（クロスアポイントメント）

学位: 奈良先端科学技術大学院大学

J-GLOBAL ID: 200901011515136622
researchmap会員ID: 5000091530

理論生物学、データ駆動生物学に関する研究を行っております。

研究キーワード

研究分野

主要な経歴

2024年10月 - 現在

名古屋大学, 大学院医学系研究科, 教授

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論文

Decomposing heterogeneity in disease progression speeds and pathways.

Yuichiro Yada, Honda Naoki

NPJ digital medicine 2026年5月12日
The mental conflict in risk-taking behavior: Decoding bias between optimism and pessimism

Iori Higashino, Ryo Ito, Yasushi Okochi, Kengo Inutsuka, Hiroshi Yokoyama, Rikako Kato, Yuichiro Yada, Ken-ichi Amemori, Honda Naoki

2026年5月5日
Toward the promotion of One Health - Part II: Interdisciplinary research cooperation between digital transformation and exposome.

Takeshi Yoneshiro, Yoshito Kumagai, Keiko Nohara, Shingo Iwami, Naoki Honda, Nobuhiko Ohno, Motohiro Nishida

The journal of physiological sciences : JPS 76(2) 100078-100078 2026年4月26日
Inferring division-associated stochasticity from time-series single-cell transcriptomes

Yasushi Okochi, Yoshihito Sawazaki, Yohei Kondo, Honda Naoki

2026年4月16日
Filament-resolved simulations reproduce self-organization of lamellipodia and filopodia

Masaya Fukui, Yohei Kondo, Nen Saito, Honda Naoki

2026年3月18日
A data-driven framework linking the connectome to spatial gene expression gradients inspired by chemoaffinity theory.

Jigen Koike, Ken Nakae, Riichiro Hira, Yuichiro Yada, Honda Naoki

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 123(10) e2516572123 2026年3月10日
Gradual proactive regulation of body state by reinforcement learning of homeostasis.

Mana Fujiwara, Honda Naoki

Neuroscience research 223 105021-105021 2026年2月
Intermediate interaction strategies for collective behavior

Yuto Kikuchi, Honda Naoki, Mayuko Iwamoto

Physica A: Statistical Mechanics and its Applications 682 131171-131171 2026年1月
Inverse modeling unveils governing law of mechano-chemical dynamics of epithelial migration.

Yuto Kikuchi, Yoshifumi Asakura, Kazuhiro Aoki, Yohei Kondo, Honda Naoki

PLoS computational biology 21(12) e1013854 2025年12月
Leveraging machine learning to uncover the hidden links between trusting behavior and biological markers.

Zimu Cao, Daiki Setoyama, Monica Natsumi Daudelin, Toshio Matsushima, Yuichiro Yada, Motoki Watabe, Takatoshi Hikida, Takahiro A Kato, Honda Naoki

Dialogues in clinical neuroscience 27(1) 201-215 2025年12月
Aversive experiences induce valence plasticity of instructive signals to change future learning rules in mice

Suguru Tohyama, Takashi Nagashima, Iori Higashino, Fumiko Arima-Yoshida, Kanae Hiyoshi, Masashi Nagase, Yuichiro Yada, Naoki Honda, Ayako M. Watabe

Communications Biology 8(1) 2025年7月4日
Disentanglement of batch effects and biological signals across conditions in the single-cell transcriptome

Shunta Sakaguchi, Masato Tsutsumi, Kentaro Nishi, Honda Naoki

2025年4月16日
Prediction of quantitative function of artificially-designed protein from structural information

Ryosaku Ota, Masayuki Sakamoto, Wataru Aoki, Honda Naoki

2025年4月16日
Inverse signal importance in real exposome: How do biological systems dynamically prioritize multiple environmental signals?

Thoma Itoh, Yohei Kondo, Tomoya Nakayama, Ai Shinomiya, Kazuhiro Aoki, Takashi Yoshimura, Honda Naoki

2025年4月4日
Machine learning-guided reconstruction of cytoskeleton network from live-cell AFM images

Hanqiu Ju, Henrik Skibbe, Masaya Fukui, Shige H. Yoshimura, Honda Naoki

iScience 27(10) 110907-110907 2024年10月
A transcriptional program underlying the circannual rhythms of gonadal development in medaka

Tomoya Nakayama, Miki Tanikawa, Yuki Okushi, Thoma Itoh, Tsuyoshi Shimmura, Michiyo Maruyama, Taiki Yamaguchi, Akiko Matsumiya, Ai Shinomiya, Ying-Jey Guh …

Proceedings of the National Academy of Sciences 120(52) 2023年12月18日
Few-shot prediction of amyloid β accumulation from mainly unpaired data on biomarker candidates

Yuichiro Yada, Honda Naoki

npj Systems Biology and Applications 9(1) 2023年11月23日
Single-cell transcriptome atlas of Drosophila gastrula 2.0.

Shunta Sakaguchi, Sonoko Mizuno, Yasushi Okochi, Chiharu Tanegashima, Osamu Nishimura, Tadashi Uemura, Mitsutaka Kadota, Honda Naoki, Takefumi Kondo

Cell reports 112707-112707 2023年7月3日
Multidimensional fractal scaling analysis using higher order moving average polynomials and its fast algorithm

Hanqiu Ju, Naoki Honda, Shige H. Yoshimura, Miki Kaneko, Taiki Shigematsu, Ken Kiyono

Signal Processing 208 108997-108997 2023年7月
Intercellular exchange of Wnt ligands reduces cell population heterogeneity during embryogenesis

Yudai Hatakeyama, Nen Saito, Yusuke Mii, Ritsuko Takada, Takuma Shinozuka, Tatsuya Takemoto, Honda Naoki, Shinji Takada

Nature Communications 14(1) 2023年4月6日

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MISC

細胞間コミュニケーションによるがん進展制御

榎本将人, 本田直樹, 武本花奈美, 竹本大策, 井垣達吏

2017年度生命科学系学会合同年次大会 2017年12月査読有り
精子幹細胞の機能的寿命の維持機構

篠原美都, 本田直樹, 篠原隆司

実験医学 35(8) 1297-1302 2017年5月招待有り
外部シグナルに制御される細胞集団移動の数理モデル (MEとバイオサイバネティックス)

村瀬晃生, 本田直樹, 石井信

電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報 114(514) 245-248 2015年3月16日
システム神経科学スプリングスクール2015開催報告

中江健, 松田道行, 石井信, 本田直樹, 浦久保秀俊, 山尾将隆, 近藤洋平, 塚田祐基, 小山雅典, 村上陽平 …

日本神経回路学会誌 22(2) 78-81 2015年
細胞運動のシステム同定

本田直樹, 山尾将隆, 石井信

生体の科学 65(5) 468-469 2014年10月招待有り
システム神経科学スプリングスクール2014開催報告

中江健, 本田直樹, 浦久保秀俊, 山尾将隆, 近藤洋平, 塚田祐基, 石井信

日本神経回路学会誌 21(2) 101-104 2014年
システム神経科学スプリングスクール2013開催報告

中江健, 本田直樹, 浦久保秀俊, 山尾将隆, 塚田祐基, 石井信

日本神経回路学会誌 = The Brain & neural networks 20(2) 84-87 2013年6月5日
システム神経生物学スプリングスクール2012開催報告

本田直樹, 中江健, 行縄直人, 山尾将隆, 石井信

日本神経回路学会誌 = The Brain & neural networks 19(2) 97-100 2012年6月5日
Theoretical modeling for axon guidance and polarization

Naoki Honda, Makoto Nishiyama, Kyonsoo Hong, Shin Ishii

NEUROSCIENCE RESEARCH 71 E11-E11 2011年
Multi-physical full-scale simulation for neuronal morphogenesis

Seigo Nonaka, Naoki Honda, Shin Ishii

NEUROSCIENCE RESEARCH 68 E105-E105 2010年

書籍等出版物

AI導入によるバイオテクノロジーの発展

本田直樹 (担当:分担執筆, 範囲:第７章：定量データに基づく生体情報処理の同定)

シーエムシー出版 2018年2月
Trends in Biophysics: From Cell Dynamics Toward Multicellular Growth Phenomena

Yamao M, Honda N, Ishii S (担当:分担執筆, 範囲:Chapter 11: Collective cell migration)

Apple Academic Press 2013年4月

担当経験のある科目(授業)

計算・統計・数理生物学 (京都大学生命科学研究科)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

臓器連関の包括的理解に基づく認知症関連疾患の克服に向けて

内閣府科学技術振興機構戦略的な研究開発の推進ムーンショット型研究開発事業 2020年12月 - 2026年3月

本田直樹
多細胞動態を司る支配方程式のデータ駆動的解読

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2021年4月 - 2025年3月

本田直樹, 青木一洋
多細胞動態を司る支配方程式のデータ駆動的解読

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2021年4月 - 2025年3月

本田直樹, 青木一洋
あいまい環境に対峙する脳・生命体の情報獲得戦略研究の推進

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(B) 2021年8月 - 2024年3月

小坂田文隆, 雨森賢一, 本田直樹
新自由エネルギー原理の確立

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(B) 学術変革領域研究(B) 2021年8月 - 2024年3月

本田直樹
脳の自由エネルギー原理:実装と検証

2021年度分野融合型共同研究事業共同研究型 2021年3月 - 2022年4月

吉田正俊 , 磯村拓哉 , Christopher Buckley , 本田直樹, 磯田昌岐
ライブセル観察と機械学習を用いた細胞表層骨格のダイナミクス解析

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 挑戦的研究(萌芽) 2019年6月 - 2021年3月

吉村成弘, 本田直樹
脳回路構築における軸索配線原理の解読

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2019年4月 - 2021年3月

本田直樹
逆強化学習法による「動物の行動戦略を制御する神経基盤」の同定

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 若手研究(B) 2016年4月 - 2020年3月

本田直樹
細胞骨格モデルから神経細胞の形態形成メカニズムに迫る

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 若手研究(B) 2013年4月 - 2016年3月

本田直樹
走化性における確率的なシグナル伝達のシステム生物学

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2007年 - 2008年

本田直樹

本田直樹

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論文

MISC

書籍等出版物

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

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