PMI Kota Kupang tidak terlepas dari misi sosial dan kemanusiaan yang harus diembannya. Palang Merah Indonesia merupakan salah satu Perhimpunan sosial kemanusiaan, sejak tahun 1945. Pada saat itu, PMI Kota Kupang berstatus PMI Cabang. Dalam menjalankan misi sosial kemanusiaannya, PMI Kota Kupang telah melakukan bantuan penanggulangan bencana baik didalam kota maupun dikota-kota lainnya di Indonesia.