You could explicitly capture two more delimited fields:

$ sed -r 's/(.*);([^;]*;[^;]*;)/\1,\2/' input_file.csv
1;2;3;4;5;6,7;8;9
10;20;30;40;50;60,70;80;90
100;200;300;400;500;600,700;800;900

You could explicitly capture two more delimited fields:

$ sed -r 's/(.*);([^;]*;[^;]*;)/\1,\2/' input_file.csv
1;2;3;4;5;6,7;8;9
10;20;30;40;50;60,70;80;90
100;200;300;400;500;600,700;800;900

or more programatically

$ sed -r 's/(.*);(([^;]*;){2})/\1,\2/' input_file.csv
1;2;3;4;5;6,7;8;9
10;20;30;40;50;60,70;80;90
100;200;300;400;500;600,700;800;900

where the number in the quantifier {n-1} replaces the nth from last.