リポジトリのアーカイブをダウンロードするには、ユーザあるいは Organization のマイグレーション用の API が利用できます。 For more information, see "Migrations."
アーカイブがダウンロードできたなら外部ハードディスクにコピーするか、Google Driveあるいは Dropboxなどのクラウドベースのバックアップサービスにアップロードしてください。
サードパーティのバックアップツール
リポジトリのバックアップを自動化するセルフサービスのツールはたくさんあります。 オプトアウトしておらず、誰でもデータにアクセスできるようにする GitHub 上のすべてのパブリックリポジトリをアーカイブするアーカイブプロジェクトとは異なり、バックアップツールは特定のリポジトリからデータをダウンロードし、新しいブランチまたはディレクトリ内に整理します。 アーカイブプロジェクトの詳細については、「GitHub のコンテンツとデータのアーカイブについて」を参照してください。
リポジトリのすべての Git データ (プロジェクトファイルやコミット履歴) は、GitHubからのデータの大部分 (Issue やプルリクエストなど) と共に BackHubでバックアップできます。BackHub は、リポジトリの日次の循環バックアップを、最大で 30 日までさかのぼったスナップショットと共に作成します。 BackHub は GitHub Marketplaceから利用できます。