PyMOL
PyMOL, Schrödinger tarafından geliştirilen, kaynak koduna erişilebilen[2] bir moleküler görselleştirme yazılımıdır. Yazılım, Warren Lyford DeLano tarafından oluşturulmuştur.[3] İlk olarak bilimsel ve eğitim toplulukları için herkesin erişebileceği araçlar geliştirmeyi amaçlayan özel bir yazılım şirketi olan DeLano Scientific LLC tarafından ticarileştirilmiş, günümüzde ise Schrödinger tarafından geliştirilmektedir. Başlangıçta izin verici (permissive) bir yazılım lisansı altında yayımlanan PyMOL'un sonraki sürümleri artık Python Lisansı yerine, geniş kullanım, yeniden dağıtım ve değiştirme hakları tanıyan; ancak telif hakkını Schrödinger LLC'ye devreden özel bir lisans altında sunulmaktadır.[2] Bu nedenle kaynak kodunun bir bölümü artık yayımlanmamaktadır. PyMOL, proteinler, nükleik asitler, küçük moleküller, elektron yoğunluk haritaları, moleküler yüzeyler ve moleküler dinamik yörüngelerinin üç boyutlu görselleştirilmesinde yaygın olarak kullanılmaktadır.[4] Ayrıca molekül düzenleme, ışın izleme ve animasyon oluşturma gibi işlevleri de desteklemektedir.[4]
 | |
 | |
| Yazar | Warren Lyford DeLano |
|---|---|
| Geliştirici | Schrödinger, Inc. |
| İlk yayınlanma | 2000) |
| Güncel sürüm | 3.1.0[1]  1 Şubat 2025 |
| Kod deposu | |
| Programlama dili | C, C++, Python |
| İşletim sistemi | macOS, Unix, Linux, Windows |
| Platform | IA-32, x86-64 |
| Diller | İngilizce |
| Tür | Moleküler modelleme |
| Resmî sitesi | pymol.org/2/ |
PyMOL, yapısal biyolojide kullanılan, büyük ölçüde açık kaynak geliştirme modeline dayanan az sayıdaki moleküler görselleştirme aracından biridir. Yazılımın adındaki "Py" eki, programın Python programlama diliyle geliştirilmiş olmasına atıfta bulunur.
PyMOL, OpenGL Extension Wrangler Library (GLEW) ve FreeGLUT kütüphanelerini kullanır; ayrıca Adaptive Poisson-Boltzmann Solver (APBS) aracılığıyla Poisson-Boltzmann denklemlerini çözebilir.[5] Grafik kullanıcı arayüzünde (GUI) uzun süre Tk araç takımı kullanılmış, macOS sürümlerinde ise Schrödinger tarafından sağlanan yerel Aqua ikili dosyalarına yer verilmiştir. Sürüm 2.0 ile birlikte tüm platformlarda bu arayüz, PyQt tabanlı yeni kullanıcı arayüzüyle değiştirilmiştir.[6]
Tarihi
değiştirPyMOL'un ilk sürümleri Python Lisansı altında yayımlanmıştır. 1 Ağustos 2006'da DeLano Scientific, şirket tarafından dağıtılan önceden derlenmiş PyMOL sürümleri (beta sürümleri dâhil) için erişimi denetimli bir indirme sistemine geçmiştir. Günümüzde bu çalıştırılabilir dosyalara yalnızca kayıtlı ve ücretli kullanıcılar erişebilmekte, eğitim amaçlı sürümler ise öğrenci ve öğretmenlere ücretsiz sunulmaktadır. Bununla birlikte, mevcut kaynak kodunun büyük bölümü ile eski önceden derlenmiş sürümler ücretsiz olarak erişilebilir durumdadır. Diğer platformlara ait derleme sistemleri açık kaynaklı olsa da, Windows API (WinAPI/Win32) derleme sistemi açık değildir; buna karşın resmî olmayan Windows ikili dosyaları çevrim içi olarak bulunabilmektedir. Kullanıcılar ister Python Lisansı kapsamındaki kaynak kodundan kendi çalıştırılabilir sürümlerini derleyebilir, ister destek hizmetleri karşılığında abonelik satın alarak önceden derlenmiş sürümlere erişebilir.
8 Ocak 2010'da Schrödinger, PyMOL'u satın almak üzere anlaşmaya varmıştır. Şirket, o tarihte geçerli olan tüm aboneliklerle birlikte PyMOL'un geliştirilmesini, bakımını, teknik desteğini ve satışını devralmış; aynı zamanda açık kaynak PyMOL topluluğunu desteklemeyi sürdürmüştür. 2017 yılında Schrödinger, kullanıcı arayüzünü Qt, paket yönetimini ise Anaconda altında birleştirerek dağıtım sistemini yenilemiş ve yazılımı PyMOL v2 olarak yayımlamıştır.[6] Bu sürüm, lisanssız kullanımın 30 günlük deneme süresini aşması hâlinde bazı yeni işlevleri kısıtlamakta ve görselleştirmelere filigran eklemektedir. Genel lisans politikası ise DeLano dönemindeki modele benzer niteliktedir. Kaynak kodunun büyük bölümü bu kez BSD benzeri bir lisans altında erişilebilir olmaya devam etmiştir. Önceki dağıtımlarda olduğu gibi, wheel biçimindeki resmî olmayan Windows ikili dosyaları kullanılabilmekte; ayrıca Linux dağıtımları da açık kaynak kodundan kendi derlemelerini sunmayı sürdürmektedir.
Galeri
değiştir- PyMOL'ün molekül düzenleme özelliklerinden bazıları: dihedral bağların döndürülmesi ve Sculpting modu kullanılarak molekül yapısının etkileşimli olarak gevşetilmesi. Bu özellikler, kuantum kimyası yazılımlarında kullanılacak başlangıç molekül geometrisinin hazırlanmasında oldukça yararlıdır.
TEV proteazının (PDB: 1LVB) aynı protein yapısının farklı gösterim yöntemleri: standart şerit (cartoon), yüzey, yüzey kesiti, vurgulanmış β-barrell, "QuteMol" tarzı, "Goodsell" tarzı, parlak yüzey ve B faktörüne göre ölçeklendirilmiş putty gösterimleri.
Ayrıca bakınız
değiştirKaynakça
değiştir- ↑ "Release 3.1.0". 1 Şubat 2025. Erişim tarihi: 25 Şubat 2025.
- 1 2 "Open-Source PyMOL" (İngilizce). Schrodinger, Inc. 2021. Erişim tarihi: 16 Temmuz 2026.
- ↑ "Pymol" (İngilizce). Yale Center for Research Computing. Erişim tarihi: 16 Temmuz 2026.
- 1 2 Yuan, Shuguang; Chan, H.; Hu, Zhenquan (2017). "Using PyMOL as a platform for computational drug design". WIREs Computational Molecular Science. 7: e1298. doi:10.1002/wcms.1298.
- ↑ "APBS" (İngilizce). poissonboltzmann.org. Erişim tarihi: 16 Temmuz 2026.
- 1 2 "PyMOL v2.0 Release Notes". pymol.org (İngilizce). Erişim tarihi: 16 Temmuz 2026.