La squadra è stata fondata nel 1947. Negli anni 1970 si è laureata per due volte campione lituana, quando ancora il campionato era regionale.
Ha avuto il periodo migliore con l'arrivo come primo azionista di Romas Marcinkevičius: a partire dai primi anni '90 cambiò nome in ROMAR Mažeikiai (dalle iniziali del proprietario), giungendo rapidamente in A Lyga e vincendo il campionato nel 1994; nel giro di un paio d'anni, però, conobbe rapidamente il fallimento, perdendo la massima serie.
Ritornato alla massima serie al termine della stagione 2009, dopo due noni posti perde la possibilità di iscriversi al campionato.
Nel corso della sua storia ha cambiato nome diverse volte:
1961 – ETG Mažeikiai
1962 – Elektra Mažeikiai
1973 – Atmosfera Mažeikiai
1990 – Jovaras Mažeikiai
1991 – FK Mažeikiai
1992 – ROMAR Mažeikiai
1995 – FK Mažeikiai
2001 – Nafta Mažeikiai
2003 – FK Mažeikiai
Cronistoria del Mažeikiai
1947: Fondazione del club
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1961-1962 : Cambia denominazione in ETG Mažeikiai . 12° nel gruppo 2 dell'Auksciausia Lyga; 24º posto finale dopo lo spareggio.
1962-193 : Cambia denominazione in Elektra Mažeikiai . 8° nel gruppo 2 dell'Auksciausia Lyga; 16º posto finale dopo lo spareggio.
1964 : 9° nell'Auksciausia Lyga.
1965 : 9° nell'Auksciausia Lyga. Perde le semifinali di Coppa.
1966 : 15° nell'Auksciausia Lyga. Retrocesso .
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1972 : perde le semifinali di Coppa.
1973 : Cambia denominazione in Atmosfera Mažeikiai . 5° nel Girone Nemunas della Auksciausia Lyga. 9º posto dopo spareggio.
1974 : 2° nel Girone Nemunas della Auksciausia Lyga. 3º nel girone finale per lo scudetto.
1975 : 6° nel Girone Nemunas della Auksciausia Lyga. 12 posto dopo spareggio.
1976 : 3° nel Girone Nemunas della Auksciausia Lyga. Vince il girone finale per lo scudetto. Campione della RSS Lituana (1º titolo).
1977 : 2° nel Girone Nemunas della Auksciausia Lyga. 3º nel girone finale per lo scudetto.
1978 : 5° nell'Auksciausia Lyga.
1979 : 1° nell'Auksciausia Lyga. Campione della RSS Lituana (2º titolo). Perde la finale di Coppa.
1980 : 4° nell'Auksciausia Lyga.
1981 : 6° nell'Auksciausia Lyga.
1982 : 6° nell'Auksciausia Lyga.
1983 : 4° nell'Auksciausia Lyga.
1984 : 10° nell'Auksciausia Lyga.
1985 : 7° nell'Auksciausia Lyga.
1986 : 7° nell'Auksciausia Lyga.
1987 : 4° nell'Auksciausia Lyga.
1988 : 5° nell'Auksciausia Lyga.
1989 : 6° nell'Auksciausia Lyga.
1990 : Cambia denominazione in Jovaras Mažeikiai . 5° in Baltic League, si qualifica ai play-off scudetto. Eliminato ai quarti di finale. Perde la semifinale di Coppa
1991 : 12° in Lietuvos Lyga
1991-1992 : Cambia denominazione in FK Mažeikiai . 9° in Lietuvos Lyga.
1992-1993 : Cambia denominazione in ROMAR Mažeikiai . 6° in Lietuvos Lyga.
1993-1994 : 1° in Lietuvos Lyga. Campione Lituano (3º titolo).
1994-1995 : 3° in Lietuvos Lyga. Eliminato al turno preliminare di Coppa UEFA .
1995-1996: Causa problemi finanziari riparte dalla III Lyga , quarta serie del campionato lituano. 6° in III Lyga.
1996-1997: 2° in III Lyga. Promosso in II Lyga .
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1998-1999: 10° in II Lyga.
1999-2000: 6° in II Lyga.
2000-2001: 11° in II Lyga.
2001: cambia denominazione in Nafta Mažeikiai . 1º nel girone Vakarų della II Lyga. Promosso in I Lyga .
2002 : 15° in 1 Lyga. Retrocesso in II Lyga
2003: cambia denominazione in FK Mažeikiai . 1° in II Liga. Promosso in I Lyga .
2004 : 6° in 1 Lyga. Retrocesso in II Lyga .
2005: 4° in II Lyga Nord.
2006: 3° in II Lyga Nord.
2007: 4° in II Lyga Nord.
2008: 1° in II Lyga Ovest. Promosso in I Lyga .
2009 : 3° in 1 Lyga, Promosso in A Lyga .
2010 : 9° in A Lyga.
2011 : 9° in A Lyga. Non si iscrive al campionato .
(LT ) Sito ufficiale , su fkmazeikiai.lt . URL consultato il 27 dicembre 2011 (archiviato dall'url originale il 25 dicembre 2011) .
(EN ) Profilo su WeltFussbAllarchiv , su weltfussballarchiv.com . URL consultato il 24 gennaio 2012 (archiviato dall'url originale il 3 ottobre 2012) .
(EN , RU ) Profilo su WildStat , su wildstat.com .