MEROPS

MEROPS adalah basis data daring untuk peptidase (juga dikenal sebagai protease, proteinase, dan enzim proteolitik) serta inhibitornya. Skema klasifikasi untuk peptidase diterbitkan oleh Rawlings & Barrett pada tahun 1993, sedangkan skema untuk inhibitor protein diterbitkan oleh Rawlings dkk. pada tahun 2004. Versi terbaru, MEROPS 12.5, dirilis pada September 2023.

MEROPS

Konten
Deskripsi	MEROPS: basis data enzim proteolitik, substrat, dan inhibitornya.
Kontak
Pusat penelitian	Institut Wellcome Trust Sanger
Penulis	Neil D Rawlings
Tanggal rilis	2010
Akses
Situs web	https://www.ebi.ac.uk/merops/
Perangkat
Lain-lain

Ringkasan

Klasifikasi didasarkan pada kesamaan pada tingkat struktur tersier dan primer. Perbandingan dibatasi pada bagian urutan yang langsung terlibat dalam reaksi, yang dalam kasus peptidase harus mencakup situs aktif, dan untuk inhibitor protein, situs reaktif. Klasifikasi bersifat hierarkis: urutan disusun menjadi keluarga, dan keluarga disusun menjadi klan. Setiap peptidase, keluarga, dan klan memiliki identifikasi unik.

Klasifikasi

Famili

Famili peptidase dibangun melalui perbandingan urutan asam amino. Sebuah keluarga disusun sekitar contoh tipe, yaitu urutan peptidase atau inhibitor yang telah teridentifikasi dengan baik. Semua urutan lain dalam keluarga harus terkait dengan contoh tipe famili, baik secara langsung maupun melalui hubungan transitif yang melibatkan satu atau lebih urutan yang telah terbukti menjadi anggota keluarga. Biasanya, FastA atau BlastP digunakan untuk menetapkan hubungan urutan, dengan nilai expect 0,001 atau lebih rendah dianggap secara statistik signifikan. Pencarian HMMER atau psi-blast digunakan untuk menambahkan urutan yang secara jauh terkait dengan famili. Setiap famili diidentifikasi oleh huruf yang mewakili jenis katalitik peptidase yang dikandungnya, diikuti oleh nomor unik sembarang.

Beberapa famili dibagi menjadi subfamili karena bukti divergensi yang sangat kuno di dalam famili. Divergensi tersebut sesuai dengan lebih dari 150 mutasi titik yang diterima per 100 residu asam amino.

Klan

Kesamaan struktur tiga dimensi mendukung bukti bahwa banyak keluarga memang memiliki asal-usul bersama dengan keluarga lain. “Klan” digunakan untuk menggambarkan kelompok keluarga semacam itu. Sebuah klan juga dibentuk sekitar contoh tipe, yaitu struktur peptidase atau inhibitor yang telah terdefinisi dengan baik. Sebuah keluarga dimasukkan ke dalam klan jika struktur tersier anggota keluarga dapat dibuktikan terkait dengan struktur contoh tipe klan. Secara umum, DALI digunakan untuk menentukan keanggotaan klan, dengan skor z sebesar 6,00 satuan simpangan baku atau lebih dianggap secara statistik signifikan. Untuk peptidase, bukti lain yang menunjukkan bahwa keluarga terkait ketika struktur tersier tidak ada termasuk urutan residu katalitik yang sama dalam urutan.

Identifikasi

Setiap keluarga, klan, peptidase, dan inhibitor memiliki identifikasi unik. Deskripsi dan contoh identifikasi ditampilkan dalam tabel di bawah ini.

Jenis	Pengidentifikasi Deskripsi	Contoh identifikasi
Famili	Surat yang menunjukkan jenis katalitik diikuti oleh nomor seri hingga dua digit.	A1
Klan	Huruf pertama yang menunjukkan jenis katalitik diikuti oleh huruf seri.	AA
Peptidase	Nama famili (ditambahkan nol jika diperlukan agar panjangnya tiga karakter), diikuti titik, dan nomor seri tiga digit.	A01.001
Inhibitor	Huruf awal ‘I’ diikuti dengan nama famili (ditambah nol di depan), titik, dan nomor seri tiga digit.	I10.001
Inhibitor Senyawa	Huruf awal ‘L’ digunakan untuk semua inhibitor gabungan. Huruf ‘L’ diikuti oleh nama famili unit inhibitor (dibuat menjadi tiga karakter). Setelah tanda hubung, terdapat nomor seri tiga digit.	LI01-001
Inhibitor molekul kecil	Setiap SMI diberi identifikasi yang terdiri dari huruf awal J diikuti oleh angka lima digit.	J00095

Lihat pula

• Superfamili protein

Pranala luar

• Basis data MEROPS Diarsipkan 14 November 2006 di Wayback Machine.