Within your Persone constructor function, you'd assign nested objects to their properties on this (which refers to the new object) using the same kind of notation you're using now:
function Persone() {
    this.nome = "";
    this.cognome = "";
    this.sesso = "";
    this.telefono = "";
    this.indirizzo = {
        via: "";
        numero: "";
        CAP: ""
    };
    this.nascita = {
        mese: "";
        giorno: "";
        anno: "";
        CAP: ""
    };
    this.codiceFiscale = function() {
        // istruzioni per il calcolo
    };
    this.input = function(name, surname, sex, street, number, CAP1, day, month, year, CAP2) {
        // istruzioni
    };
}
Naturally, you can add parameters to Persone (for nome, etc.) if you like and use those when creating the properties on this.
You might consider moving the functions off to the prototype that new Persone will assign to new instances (unless they need to be different for different Persone instances), like this:
function Persone() {
    this.nome = "";
    this.cognome = "";
    this.sesso = "";
    this.telefono = "";
    this.indirizzo = {
        via: "";
        numero: "";
        CAP: ""
    };
    this.nascita = {
        mese: "";
        giorno: "";
        anno: "";
        CAP: ""
    };
}
Persone.prototype.codiceFiscale = function() {
    // istruzioni per il calcolo
};
Persone.prototype.input = function(name, surname, sex, street, number, CAP1, day, month, year, CAP2) {
    // istruzioni
};
It's also worth looking at the newish class syntax, which you can use today with transpiling (or, increasingly, without):
class Persone {
    constructor() {
        this.nome = "";
        this.cognome = "";
        this.sesso = "";
        this.telefono = "";
        this.indirizzo = {
            via: "";
            numero: "";
            CAP: ""
        };
        this.nascita = {
            mese: "";
            giorno: "";
            anno: "";
            CAP: ""
        };
    }
    codiceFiscale() {
        // istruzioni per il calcolo
    }
    input(name, surname, sex, street, number, CAP1, day, month, year, CAP2) {
        // istruzioni
    }
}
Finally, if you want to create those nested objects with constructors as well, you'd just do that and then use the constructors within Persone:
class Indirizzo {
    constructor() {
        this.via = "";
        this.numero = "";
        this.CAP = "";
    }
}
class Nascita {
    constructor() {
        this.mese = "";
        this.giorno = "";
        this.anno = "";
        this.CAP = "";
    }
}
class Persone {
    constructor() {
        this.nome = "";
        this.cognome = "";
        this.sesso = "";
        this.telefono = "";
        this.indirizzo = new Indirizzo();
        this.nascita = new Nascita();
    }
    codiceFiscale() {
        // istruzioni per il calcolo
    }
    input(name, surname, sex, street, number, CAP1, day, month, year, CAP2) {
        // istruzioni
    }
}
     
    
function Persone () { this.nome = ''; this.indirizzo = { via: '' } }